十年动乱期间，玉佛寺在上海市人民政府要坚决保护的指示下，由于各级政府、附近单位的广大干部和寺内僧众机智、勇敢的保护，寺内建筑完好无损，佛像、经卷、主要法器法物等也基本无恙，这在全国佛教寺院中并不多见。时僧众大都散去，住持苇舫法师也于1969年圆寂。全赖真禅等5位僧众坚守寺院，每日以贴纸盒谋生度日，才使寺院建筑未遭占用和毁坏。1975年，真禅法师就以市佛教协会和玉佛寺文物单位负责人的名义，出面接待了以山田惠谛长老为团长的日本天台宗访问团。 　

　　1976年9月，本寺和全国佛教界一样，迎来了新的春天。自十一届三中全会以来，随着宗教信仰自由政策的逐步贯彻和落实，玉佛寺在新的形式下，走上了重兴的发展道路。

　　1979年，真禅法师先后被选为上海市佛教协会会长、玉佛禅寺住持。他立即千方百计筹集资金，对寺院进行全面修缮，在寺内铺设地坪方砖。1985年全寺佛像开光。在修缮的同时，还陆续在寺内设置景点。先后请名家匠师镌刻了明代董其昌手书《四十二章经》和《释加如来成道记》24方，唐宋元明清名画家绘观世音菩萨三十二应身像35方，释迦如来八相成道图19方，唐贯休绘十六罗汉像18方等，分别镶嵌于般若丈室大门两侧墙壁、东西回廊墙壁和大雄宝殿两侧墙壁。修缮后的玉佛禅寺，焕然一新，更胜从前。

　　在寺院修缮过程中，宗教活动也不断开展。1981年开始举办各类法会。1982年举行建寺100周年纪念法会；1985年举行建寺以来第一次的传戒法会；1990年举行卧佛堂大玉卧佛开光法会；1992年举行建寺110周年纪念法会；1995年11月，举行万尊玉佛、金佛像开光法会，真禅法师八十寿辰庆典暨慈善捐赠仪式。

　　在举行各种法务活动的同时，各项有关丛林规章制度也逐步恢复和健全。“文革”中被迫离散的法师被陆续请回寺内，人数增至100多人，并恢复了传统的四大寮口（客堂、禅堂、库房、衣钵寮）。从此丛林规约逐步完善，日益受到海内外广大信徒的崇敬。

　　1995年12月，真禅方丈因心脏病突发而圆寂，但寺内不可一日无主。其弟子觉醒法师在玉佛寺老一辈法师、居士及寺务处一班人的支持下，以寺务处主任的身份，承担起管理这一大丛林的重任。经过四年多的实践和锻炼，觉醒法师表现了出色的才能，在政治上、信仰上以及管理上和对外交往上，都表现出比原来有较大的进步。1999年11月，觉醒法师被玉佛寺两序大众推举为第11任住持。目前，觉醒法师在市民族与宗教事务委员会的全力支持下，正率领玉佛寺寺务处的全体同仁，团结僧俗大众，坚定不移地高举爱国爱教旗帜，走与社会主义社会相适应的道路。现今的玉佛寺，已先后办起了星期佛学讲座和弘一图书馆，出版了《觉群》季刊。同时积极开展讲经弘法活动，弘扬优秀的佛教文化，为提高佛教四众弟子的爱国爱教觉悟和佛教文化水平，打下了坚实的基础。

　　在新世纪到来之际，玉佛寺还在设计一幅新的发展蓝图。在普陀区人民政府和有关方面的大力支持下，玉佛寺将进行较大规模的扩建和改建。在未来二、三年内，玉佛寺将兴建一座现代化的佛学讲堂，弘一图书馆将全面采用先进的电脑管理，各种佛教文化设施将更加完备和健全。玉佛寺的整体面貌将有更大改观。

　　现在，玉佛寺在新任住持觉醒大和尚的领导下，正在继续抓好寺院管理，大力加强自身建设，扩大对外友好交往，关心社会公益事业，并用正信的人间佛教思想教育广大信徒，为把玉佛寺建设成为一座模范丛林而努力。